ČNB vykonává svoji činnost prostřednictvím ústředí, sítě poboček a územních pracovišť ústředí.

Na územních pracovištích ústředí jsou dislokované vybrané útvary sekce peněžní a platebního styku, sekce licenčních a sankčních řízení, které na území České republiky zajišťují vybrané činnosti zejména provozního charakteru a plní společně s ústředím a pobočkami úlohu kontaktních míst ČNB pro orgány státní správy a územní samosprávy, právnické osoby a fyzické osoby. Na územních pracovištích ústředí jsou dále dislokované vybrané útvary dohledu nad finančním trhem II, které na území České republiky zajišťují vybrané činnosti dohledu nad finančním trhem ve vymezené působnosti.

• Praha – ústředí, pobočka
• Brno – pobočka, územní pracoviště ústředí
• Hradec Králové – pobočka, územní pracoviště ústředí
• Ostrava – pobočka, územní pracoviště ústředí
• České Budějovice – územní pracoviště ústředí
• Plzeň – územní pracoviště ústředí
• Ústí nad Labem – územní pracoviště ústředí