V ČR jsou pojištěny všechny neanonymní vklady fyzických a právnických osob vedené v korunách i v cizí měně (tj. vklady na jméno, příjmení, adresu a datum narození nebo rodné číslo vkladatele - fyzické osoby, v případě právnických osob vklady na obchodní firmu nebo název, sídlo a identifikační číslo). Podrobnosti ohledně pojištění pohledávek z vkladů jsou uvedeny v § 41a až 41m zákona č. 21/1992 Sb., o bankách, ve znění pozdějších předpisů.

Pojištěny nejsou vklady bank, poboček zahraničních bank a finančních institucí.

Výše náhrady se vypočítá z celkového objemu pojištěných vkladů jednotlivého vkladatele u dotčené banky a poskytuje se ve výši 100 % tohoto objemu, maximálně však do výše ekvivalentu 100 tisíc EUR pro jednoho vkladatele u jedné banky. Na náhradu nemají nárok osoby uvedené v zákoně o bankách, např. osoby mající kontrolu nad bankou, osoby s kvalifikovanou účastí na těchto osobách a členové vedení těchto osob, osoby s kvalifikovanou účastí na bance a osoby pod jejich kontrolou, dále členové statutárního orgánu, dozorčí rady a vedoucí zaměstnanci banky a osoby blízké členům těchto orgánů, vedoucím zaměstnancům banky a osobám majícím kontrolu nad bankou, osoby pod kontrolou banky a rovněž osoby odsouzené v trestním řízení v souvislosti s praním špinavých peněz.

Pobočky zahraničních bank se nemusí účastnit systému pojištění pohledávek z vkladů, pokud svůj záměr oznámí České národní bance a současně jí prokáží, že systém pojištění pohledávek z vkladů, na kterém jsou účastny, zaručuje oprávněným osobám nejméně stejný stupeň ochrany, jaký je požadován právem Evropských společenství.

Na pobočky zahraničních bank, které požívají výhody jednotné licence podle práva Evropských společenství, se ustanovení zákona o bankách související s pojištěním pohledávek z vkladů vztahují, jen pokud využijí možnosti připojištění u Fondu pojištění vkladů.